如果您的商调函已经过期，并且档案尚未办理妥当，您可以采取以下步骤：
首先联系您的原单位，说明商调函过期的情况，并请求重新开具一份新的商调函。
在申请新的商调函之前，了解具体的流程和所需材料，确保准备齐全。
商调函通常有明确的时效性，不同地区的人事部门可能会设定不同的时间期限。
根据《民法典》第一百六十条，民事法律行为可以附期限，附终止期限的民事法律行为，自期限届满时失效。
如果原单位同意重新开具商调函，按照指示完成相关手续。如果原单位不同意，您可能需要寻找其他解决方案，例如将档案从人才市场取出。
如果上述步骤无法解决问题，建议咨询上一级组织部门，了解商调函过期后的处理办法。
请尽快处理，避免进一步延误
