如果您的快递在运输过程中丢失了发票，可以采取以下措施：
尽快与快递公司联系，了解发票丢失的具体情况，并提供快递单号等信息以便他们进行调查和查找。
如果快递公司确认发票丢失，需要及时告知客户，并说明后续处理措施。
如果快递没有备份单据，可以向发件方申请重新开具发票。
如果需要重新开具发票，您需要提供相关发票快递单据，证明发票已经丢失，并按照税务局的要求填写和提交必要的表格和文件。
如果以上两种方式都不可行，则可以向税务局申请补开发票。您需要提供丢失发票的相关证明，如快递单据、记账联复印件等，并按照税务局的指示完成补开发票的手续。
一旦确认发票丢失，需要及时通知客户，并说明后续的处理措施，以确保客户能够顺利接收发票或获得相应的赔偿。
如果发票丢失是由于快递公司的过失，您可以向快递公司提起索赔。根据《邮政法》和《中华人民共和国发票管理办法实施细则》，快递公司应按照保价额或实际损失进行赔偿，具体赔偿额度和方式可以参考相关法律规定。
在处理发票丢失的过程中，及时做好相关记录，并向税务机关报告丢失情况，以确保合规性和减少潜在的风险。
通过以上步骤，您可以有效地处理快递丢失发票的问题，并确保您的权益得到保障。
