农村宅基地的主管部门主要是 自然资源主管部门和农业农村主管部门。具体职责划分如下：
自然资源部负责全国土地的管理和监督工作。
自然资源部负责国土空间规划、土地利用计划和规划许可等工作，在国土空间规划中统筹安排宅基地用地规模和布局，满足合理的宅基地需求，依法办理农用地转用审批和规划许可等相关手续。
农业农村部负责全国农村宅基地改革和管理有关工作。
农业农村部负责宅基地分配、使用、流转的行业指导监督和违法查处等环节，建立健全宅基地分配、使用、流转、违法用地查处等管理制度，完善宅基地用地标准，指导宅基地合理布局、闲置宅基地和闲置农房利用。
县级以上地方人民政府土地行政主管部门负责本行政区域内农村宅基地的管理工作。
乡（镇）人民政府负责本行政区域内农村宅基地的管理和监督工作。
综上所述，农村宅基地的管理和监督工作由自然资源主管部门和农业农村主管部门共同负责，具体执行则由地方各级人民政府的土地行政主管部门和乡（镇）人民政府承担。
