怀孕期间主动离职的员工，其工资是按照正常标准发放的，不会扣除工资。即使是被动离职或被用人单位辞退，用人单位除了需要支付应付的工资外，还需支付两倍的经济补偿金。
经济补偿金的计算标准如下：
劳动者在用人单位工作每满一年，支付一个月工资的标准。
半年以上不满一年的，按一年计算。
不满半年的，支付半个月工资的经济补偿。
需要注意的是，如果用人单位非法辞退怀孕期间的女职工，需要支付违法解除劳动合同赔偿金，金额相当于经济补偿标准的两倍，并且工资依据离职前12个月的平均工资计算。
以上信息基于最新的法律法规，建议在实际操作中咨询专业律师或劳动监察部门，以获得最准确的指导。
